1989, une pluie de météorites s'abat sur Smallville, dans le Kansas, entraînant la destruction de la ville. Au même moment, en rase campagne, Jonathan et Martha Kent ont un accident de voiture. Alors qu'ils sont encore sous le choc, un petit garçon nu leur apparaît, comme tombé du ciel. Le couple décide de l'adopter et l'appelle Clark... 2001, Clark est adolescant. Il a deux amis, Pete et Chloé, et est amoureux de la jolie Lana Lang. Il gagne aussi l'amitié et la reconnaissance du richissime héritier de l'empire Luthor, Lex, qu'il sauve d'un accident de voiture. Mais Clark n'est pas un garçon comme les autres. Il semble posséder des pouvoirs surnaturels...
Clark sauve Lana de la tornade, mais Jonathan est porté disparu. Celui-ci est pris au piège avec Roger Nixon, à proximité d'une église en ruine remplie de fragments de météorites.
Lex parvient à sauver son père, qui est ensuite transporté à l'hôpital, et se joint à Clark pour rechercher Jonathan.
Chloé, elle, décide de n'être qu'une simple amie avec Clark, depuis qu'il l'a abandonnée au cours du bal du lycée pour sauver Lana. De son côté, celle-ci commence à s'interroger quant aux capacités hors-norme de Clark.
Vivant à Metropolis sous le nom de Kal, et sous l'influence de la kryptonite rouge, Clark est en relation avec Morgan Edge, un criminel endurci qui l'engage pour infiltrer la LuthorCorp.
Pendant ce temps, obsédé par l'idée de réunir à nouveau sa famille, Jonathan décide de prendre des mesures drastiques pour ramener Clark à la ferme... quitte à contacter Jor-El.
Au manoir, Lionel accuse Helen d'avoir assassiné Lex, mais celui-ci est toujours en vie, reclus sur une ile déserte avec un étrange individu: Louis Leery Jr.
Clark revient à Smallville reprogrammé en Kal-El. Déterminé à remplir sa destinée, Kal-El prend son envol pour dérober un puissant cristal en kryptonite. Prête à tout pour sauver son fils, Martha se tourne vers un émissaire du Pr Swann, Bridgette Crosby, et apprend qu'il existe une nouvelle forme surprenante de kryptonite. Pendant ce temps, Lois Lane arrive en ville pour enquêter sur le meurtre de sa cousine Chloe. Tandis que Lana revient de Paris avec une nouvelle attitude et un nouveau petit-ami, Jonathan est dans le coma et Lionel doit faire face au monde impitoyable de la prison.
